Bộ phim kể về cuộc chiến không ngừng chống lại sự xâm lược của các sinh vật khổng lồ có tên "Angel", một trong những kẻ thù đáng sợ nhất mà nhân loại từng phải đối mặt. Từ năm 2015, khi thế giới rơi vào cảnh hỗn loạn sau sự tàn phá của Adam, Ikari Shinji, một chàng trai trẻ, đã đến một thị trấn bị tàn phá và chứng kiến một Angel đang tàn phá nó. Vào thời điểm đó, Shinji được một cô gái bí ẩn từ tổ chức giấu tên dẫn vào một cơ sở bí mật, nơi mà một robot khổng lồ được tạo ra và đặt tên là "Eva". Mục tiêu của họ là sử dụng Eva để chống lại sự đe dọa của Angel và bảo vệ nhân loại khỏi sự diệt vong.