Sau khi thoát khỏi thân thể Unit-01, Ikari Shinji mở mắt ra và nhận ra mình đang ở trong một thế giới hoàn toàn mới lạ và xa lạ. Mọi thứ xung quanh cậu đã thay đổi, những người từng thân quen giờ đây nhìn cậu như một kẻ phản bội, một tội phạm chiến tranh. Bất chấp sự hiểu biết hạn chế về tình hình mới, Shinji quyết định khám phá để tìm hiểu rõ hơn về những điều đang xảy ra và đảm bảo rằng Ayanami Rei cũng đã thoát khỏi ngục tù của Unit-01. Tuy nhiên, mọi chuyện càng trở nên phức tạp hơn khi Shinji bị cấm lái Eva và trụ sở NERV nơi cậu từng gắn bó không còn tồn tại. Với nhiệt huyết và tinh thần sẵn lòng, Shinji bắt đầu hành trình mới, không chỉ để tìm câu trả lời cho bản thân mình mà còn để khám phá những bí ẩn về thế giới mà cậu đang sống. Hành trình của Shinji hứa hẹn sẽ là một cuộc phiêu lưu đầy kịch tính và bất ngờ!