Sau khi trải qua một cuộc va chạm khủng khiếp, Nhật Bản chỉ còn lại Tokyo-3 - một thành phố đang chống lại những sinh vật khổng lồ có tên gọi là Angels, hồn ma của thế giới. Trong bóng tối và sự hoảng loạn, Shinji Ikari nhận được một cuộc điện thoại bí ẩn, một cuộc triệu tập từ tổ chức NERV, nơi anh sẽ phải đối mặt với sứ mệnh quan trọng nhất đời mình - chinh phục Eva Unit 01 để đánh bại những kẻ thù đáng sợ đó. Đồng hành cùng Shinji là Rei Ayanami, phi công của Eva Unit 00, người sẽ đồng lòng cùng anh chiến đấu cho sự sống còn của nhân loại.