Mặc dù đã mất đi ý chí sống, Shinji Ikari vẫn chưa hoàn toàn chìm trong bóng tối. Nơi anh đặt chân đến không chỉ là nơi hy vọng được dạy cho anh mà còn là nơi nảy sinh niềm tin. Trải qua nhiều thách thức và khó khăn, dự án công trình đã được bắt đầu trong sự đau đớn của mỗi chuyển động. Anh sẽ phải chiến đấu một cuộc chiến cuối cùng vất vả để ngăn chặn sức mạnh đen tối đóng lại trên thế giới.