Trong cái chấn trịch của cuộc chiến cuối cùng, Angra Mainyu cuối cùng đã chiếm được quyền kiểm soát tàu Sakura Matou - biểu tượng của sức mạnh và sự hủy diệt. Với sự phụ thuộc vào Rin, Shirou và Rider, cuộc chiến giữa cái thiêng liêng và cái tà ác đã đạt đến ngưỡng cửa. Nếu họ không thể làm sạch Chén Thánh, thế giới này sẽ chìm trong bóng tối và phép thuật sẽ mất đi mãi mãi. Tất cả mọi người đều biết, cái kết cuộc này sẽ quyết định số phận của cả Thánh địa lẫn Thần thoại. Liệu họ có thể thành công trong sứ mệnh cuối cùng của mình hay không, chỉ thời gian mới có thể trả lời.