Sau khi bắt đầu một cuộc sống mới bình yên bên cạnh Kaoru và những người bạn, Kenshin nhận được một thư từ chính quyền Minh Trị yêu cầu anh tiếp tục nhiệm vụ bảo vệ hòa bình. Makoto Shishio, kẻ từng là một sát thủ giống Kenshin, đã sống sót sau khi bị đốt sống và đang âm mưu lật đổ chính quyền ở Kyoto. Mặc dù Kaoru không ủng hộ, Kenshin quyết định rời bỏ lại cuộc sống yên bình để đến Kyoto ngăn chặn cuộc nội chiến đang đe doạ đất nước của mình.