Cuộc đối đầu giữa Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đạt đến đỉnh điểm căng thẳng khi Shishio quyết định đưa chiến hạm của mình đến Tokyo, với mục đích đảo chính chính phủ Minh Trị và đưa Nhật Bản trở về thời kỳ hỗn loạn. Kenshin phải đối mặt với nhiều nguy hiểm và suýt chết khi đối đầu với hỏa kiếm hủy diệt của Shishio cùng với các tay chiến binh tinh nhuệ của hắn. Để ngăn chặn âm mưu của Shishio, Kenshin phải đi tìm sư phụ cũ của mình để học tuyệt kỹ cuối cùng của trường Phi Thiên Ngự Kiếm...