Trong bối cảnh thành phố Zion đang tập trung các lực lượng để chống lại cuộc tấn công đe dọa từ các cỗ máy, Neo đang đối diện với khó khăn không ngờ khi bị mắc kẹt giữa hai thế giới đối lập - thực tại và ma trận. Trong khi đó, đặc vụ Smith đang nảy sinh một kế hoạch đầy bí ẩn nhằm tiêu diệt cả hai phe, khiến cho cuộc chiến giữa máy móc và con người trở nên căng thẳng và khó lường hơn bao giờ hết.