Trong thời đại hiện đại của thế kỷ 23, khi sức mạnh của công nghệ đã vượt xa tầm hiểu biết của con người, Liên bang Starship U.S.S. Enterprise vẫn không ngừng tiến hành các cuộc diễn tập huấn luyện để đảm bảo sự chuẩn bị tốt nhất cho mọi tình huống bất ngờ. Đô đốc James T. Kirk, vị lãnh đạo xuất sắc của tàu vũ trụ này, biết rõ rằng mỗi cuộc thị sát có thể trở thành sứ mệnh cuối cùng trong sự nghiệp dày dặn của mình. Nhưng không ngờ rằng, nguy hiểm lại đến từ phía Khan - kẻ phản bội tàn độc từ thế kỷ trước, đã quay trở lại với âm mưu tàn ác hơn bao giờ hết. Với sự hỗ trợ từ nhóm siêu nhân di truyền bị lưu đày của mình, Khan đã thực hiện một kế hoạch đánh cắp cực kỳ nguy hiểm - chiếc thiết bị tuyệt mật có tên Project Genesis tại Trạm vũ trụ Regula One. Sở hữu quyền kiểm soát một con tàu vũ trụ khác của Liên bang, Khan đã bắt đầu cuộc truy đuổi kinh hoàng đến tận cùng vũ trụ, với mục tiêu duy nhất là tiêu diệt Đô đốc Kirk. Dẫu bất cứ rủi ro nào, dù là Armageddon toàn cầu, cũng không thể ngăn cản kẻ thù hận thù này trong âm mưu đen tối của mình.